Detrás de una fachada común del centro funcionó durante décadas la Dirección Nacional de Asuntos Técnicos, 'La Técnica', donde miles de opositores a la dictadura de Alfredo Stroessner (1954–1989) fueron detenidos y torturados. El museo reconstruyó las celdas a partir de testimonios de ex presos políticos y exhibe documentos, fotografías y objetos de la represión y de la resistencia. Es una visita dura y necesaria para entender el Paraguay contemporáneo.

En 1956 instaló aquí su oficina el coronel estadounidense Robert K. Thierry, enviado para entrenar a funcionarios del régimen en técnicas de contrainsurgencia. El centro fue clausurado por orden judicial el 23 de diciembre de 1992, un día después del hallazgo de los 'Archivos del Terror'. Casi diez años más tarde, la Fundación Celestina Pérez de Almada recuperó el edificio para crear el museo.