Vitrinas llenas de objetos de los pueblos indígenas del Paraguay: instrumentos musicales, armas, herramientas, vasijas funerarias y los célebres altares en forma de canoa. Un mapa muestra dónde vivía cada etnia antes de la llegada de los españoles y una galería de fotografías documenta su vida cotidiana. Es un museo sencillo, de otra época, pero con piezas de enorme valor para entender la diversidad de los 19 pueblos indígenas del país.

El acta de fundación, impulsada por el médico y filántropo Andrés Barbero desde la Sociedad Científica del Paraguay, data del 21 de junio de 1929, y el museo abrió el 28 de noviembre de 1933. Lo organizó el etnólogo alemán Max Schmidt (1934–1946); desde 1952 lo dirigió la antropóloga Branislava Sušnik, que amplió las colecciones con viajes a las comunidades. La sede actual se inauguró en 1956.