Un conjunto de pabellones modernistas diseñados por Carlos Colombino reúne tres miradas del arte paraguayo: la indígena, la popular y la urbana. Hay cerámica precolombina, tallas religiosas y santos de madera, encajes y platería, máscaras y arte plumario de los pueblos del Chaco y del oriente, pinturas y grabados contemporáneos, y los xilograbados de los periódicos de trinchera de la Guerra de la Triple Alianza. El recorrido es sorprendente incluso para quien no suele ir a museos, y deja una idea profunda de la diversidad cultural del Paraguay.

Surgió a fines de los años setenta como institución privada: en 1979 se levantó el primer edificio en Isla de Francia y en 1980 abrió el Museo del Barro en San Lorenzo, por iniciativa de Ysanne Gayet, Carlos Colombino y Osvaldo Salerno. En 1983 se trasladó a Asunción y amplió su colección más allá de la cerámica; desde 1988 funciona en forma permanente en el Centro de Artes Visuales de Isla de Francia. En 1992 se sumó el pabellón del Museo de Arte Indígena; un tornado lo dañó en 1993 y reabrió en 1995.