Frente a la ciudad, una angosta península de tierras bajas, el Banco San Miguel, separa la bahía del cauce principal del río Paraguay: de un lado, el Bosque Atlántico; del otro, el bajo Chaco. Ese mosaico de agua poco profunda, bancos de arena y pastizales atrae a cientos de especies de aves, desde garzas y biguás hasta playeros que viajan miles de kilómetros desde Norteamérica. Desde la Costanera y su mirador de aves, con binoculares, se pueden observar sin salir de la ciudad, con la silueta del centro histórico de fondo.

En esta bahía Juan de Salazar de Espinosa fundó en 1537 el fuerte que dio origen a Asunción, y aquí anclaron los buques paraguayos durante la Guerra de la Triple Alianza y la del Chaco. En 2005 la Ley 2.715 creó la Reserva Ecológica del Banco San Miguel y la Bahía de Asunción, manejada en conjunto por la Municipalidad y la autoridad ambiental nacional.